En la temporada 2010/11, el Burgos CF y el por aquel entonces equipo de la capital bajo la denominación de Club Deportivo Estructuras Tino, firman un convenio de filialidad en el verano de 2010; en el cual el Burgos CF se compromete a ayudar económicamente al filial y este cedería jugadores cuando el primero lo requiriese. En la temporada 2011/12, tras la renovación por un año más del acuerdo de filialidad firmado entre ambos clubes en el verano de 2010, el equipo filial bajo la denominación de Burgos B Bupolsa, quedó en el puesto 16º del grupo VIII de la Tercera División.