Cruyff pasó a formar parte de la oposición a Núñez, apoyando una moción de censura contra el presidente por parte del grupo L’elefant blau (grupo opositor al presidente Núñez liderado por Joan Laporta) y también mostró su rechazo a la siguiente junta, presidida por el exvicepresidente de Núñez, Joan Gaspart. El martes 22 de diciembre de 2009 hizo su debut como seleccionador catalán ante Argentina, que acabó con una victoria de 4-2 para la selección catalana (partido disputado en el Camp Nou).