Por ser el campeón defensor, el Inter arrancaba su participación en la Copa de Campeones desde octavos de final. Le ganó a Dinamo Bucarest en octavos por 7 a 0, a Rangers Football Club en cuartos por 3 a 2 y en semifinales a Liverpool FC por 4 a 3, en una definición apasionante. Iniciando la temporada 1965/66, el Inter se consagró nuevamente campeón de la Copa Intercontinental enfrentando una vez más a Club Atlético Independiente, ganando en Milán 3 a 0 con goles de Peiró y Mazzola en dos oportunidades, y empatando en Avellaneda por 0 a 0. En la Serie A, dominaría desde la fecha 9 hasta el final de la primera parte de la temporada, con el A.C. Milán y el Napoli como inmediatos perseguidores, que lo seguían en segundo y tercer lugar respectivamente. En la Copa de Europa, llegaría hasta semifinales, donde sería eliminado ante Real Madrid, quien luego sería el campeón de esa edición.

↑ «El Inter renueva a Mazzarri hasta 2016». Sport. ↑ «El Inter destituye a Walter Mazzarri». ↑ «Milito, Samuel y Cambiasso se despiden del Inter». En la temporada 1996/97 refuerzan al equipo Youri Djorkaeff e Iván Zamorano que junto a Pagliuca, Bergomi y Javier Zanetti el Nerazzurri terminaría en tercer lugar de la Serie A a solo seis puntos del título. Una relativa estabilidad llegó en la temporada 1999-00 con el nuevo entrenador Marcello Lippi, que llegaba precisamente de triunfar en la Juventus. Y el portugués José Mourinho, nombrado entrenador del Inter el 2 de junio de 2008 (tras dejar al Chelsea FC), terminó su primera temporada con el club ganando la Serie A y la Supercopa Italiana, y en su segunda temporada, consiguió el primer «triplete» de la historia del fútbol italiano, tras consagrarse campeón de la Serie A, Coppa Italia y UEFA Champions League en la temporada 2009-10 con el Inter, convirtiéndose así en el segundo entrenador más exitoso del club. La semifinal con Spartak Moscú 4-2 a favor del Inter, El 6 de mayo de 1998 se daría la primera final a único partido de la Copa UEFA sería en el estadio Parque de los Príncipes en París donde se enfrentó a S:S Lazio ganándole 0-3 con goles de Zamorano, J. Zanetti y el «Fenómeno» Ronaldo Nazario para el Nerazzurri consagrarse campeón de su tercer título en siete años.

En la Copa Italia llegaría a semifinales y en la Copa de la UEFA alcanzaría la final enfrentando al FC Schalke 04. En la primera final disputada en Gelsenkirchen, el Schalke se impuso por 1 a 0 con gol de Marc Wilmots. En la campaña siguiente, el Inter llegaría a la final de la Liga de Campeones para enfrentarse al Ajax de Ámsterdam de Johan Cruyff. Pero al comenzar la temporada 2000-01, el Inter quedaba eliminado en agosto de la Champions por el modesto Helsingborg sueco y perdía la final de la Supercopa de Italia frente a la Lazio. En la temporada 1993-94, llegaron los jugadores holandeses Wim Jonk y Dennis Bergkamp de Ajax. El Inter quería centrarse en los jóvenes talentos, apostando por jugadores como Alessandro Altobelli, quien llegaba proveniente del Brescia Calcio y desde la cantera, debutaría el defensor Giuseppe Baresi. Faltando todavía 2 jornadas por jugarse, el equipo venció al Foogia Calcio 5-0 y se consagró campeón de la Serie A, consiguiendo el undécimo Scudetto. En la final, disputada el 27 de mayo de 1965 en la ciudad de Milán, el Inter se consagraría nuevamente campeón venciendo al Benfica por 1 a 0, con gol de Jair da Costa; logrando el título consecutivo de Copa de Campeones.

De esta manera, el conjunto italiano obtendría su primer título mundial a nivel de clubes. Mientras que sus grandes rivales, AC Milán y Juventus, estaban logrando el éxito tanto a nivel nacional como en Europa, el Inter se queda atrás, con resultados irregulares finalizando segundo en tabla de posiciones en la Serie A de 1993 y 1998. En la temporada 1993-94, quedaría a tan solo un punto de la zona de descenso. Mientras que el Inter de Mancini únicamente ganó títulos a nivel nacional (tres scudettos, dos Coppa Italia y dos Supercopas italianas), camiseta del inter de milan todos de manera consecutiva en la primera etapa de Mancio en el equipo. En la recta final, Milán perdería en Roma y el Nerazzurri no perdería ningún partido, de esta manera el Inter obtenía el noveno Scudetto con Sandro Mazzola como capocannoniere del campeonato. El 29 de junio de 1969, después de más de 60 años, se volvió a repetir el hecho de jugar el derbi de Milán en el extranjero; aquel encuentro, también amistoso, se disputó en el Yankee Stadium de Nueva York, en el ámbito del «Torneo Ciudad de Nueva York». Empezando la segunda vuelta, Inter obtendría una racha de 8 victorias consecutivas (incluyendo el Derbi ante el Milán por 5-2 en la vuelta), por lo cual el Campeonato Italiano tendría un final apasionante en las últimas fechas en la pelea por el título.

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